甲基化测序分析

全基因组的甲基化测序一般采用Bisulfite处理的方法,这种方法是目前甲基化测量的金标,而且分析方法简单,与基因组测序分析方法类似。经过Bisulfite处理的基探索基因调控和重大疾病调控的机理因组DNA,其中非甲基化的C碱基将被转换成T碱基,而甲基化的C碱基则保持不变,对其进行测序就可以得到全基因组范围内的甲基化位点分布状况。新测序技术的数据高通量产出,使全基因组范围内的甲基化位点研究迅速成为的有力工具。

上图为Bisulfite方法的流程

甲基化测序mapping过程与常规的DNA测序比对相比,有以下两点不同,因此比对时需要特殊处理:

      1、C和T的比对是不对称的,reads中的T是可以比对到参考基因的C碱基的,但反过来就不行。

      2、Bisulfite处理后正负链的序列就不互补了。这样,每个reads实际上需要比对4次参考基因组(有三次是一定程度修改过的基因组:BSW(bisulfite +), BSWC(reverse complimentary of BSW), BSC(bisulfite -) and BSCC(reverse complimentary of BSC))

另外一种甲基化测序是MeDIP(甲基化DNA免疫共沉淀)与测序技术结合,该方法有针对性,较经济一些。先通过MeDIP技术富集甲基化的DNA片断,再利用大规模测序技术,研究感兴趣的靶基因上的甲基化区域。